Trong các rối loạn tự miễn, hệ thống miễn dịch tạo kháng thể với kháng nguyên nội sinh (autoantigen). Những phản ứng quá mẫn sau đây có thể liên quan:
Loại II: Các tế bào phủ kháng thể, giống như bất kỳ hạt ngoại lai có vỏ bọc, kích hoạt hệ thống bổ thể, dẫn đến tổn thương mô.
Loại III: Cơ chế chấn thương liên quan đến sự lắng đọng của phức hợp kháng thể kháng nguyên.
Cơ chế
Một số cơ chế có thể giải thích cho việc cơ thể tấn công vào chính nó:
Thuốc tự kháng nguyên có thể trở nên miễn dịch nếu chúng bị thay đổi theo cách nào đó.
Các kháng thể đối với một kháng nguyên lạ có thể phản ứng chéo với một tự kháng nguyên không thay đổi (ví dụ, kháng thể đối với protein streptococcal M có thể phản ứng chéo với cơ tim người).
Các chất tự miễn tự nhiên phân rã từ hệ thống miễn dịch có thể bị phơi nhiễm và gây ra phản ứng tự miễn dịch (ví dụ như sự phóng thích hệ thống các tế bào màng bồ đào có chứa melanin sau khi chấn thương mắt gây ra chứng viêm mắt giao cảm).
Tự kháng nguyên có thể bị thay đổi về mặt hoá học, vật lý hoặc sinh học:
Hóa chất: Một số hóa chất có thể liên kết với các protein cơ thể, làm cho chúng trở nên miễn dịch, như xảy ra ở một số trường hợp miễn dịch do thuốc thiếu máu tan máu.
Vật lý: Ví dụ, ánh sáng tia cực tím gây ra tế bào keratin chết theo chương trình và sau đó thay đổi tính sinh miễn dịch của tự kháng nguyên, kết quả là nhạy cảm ánh sáng như trong lupus đỏ da.
Sinh học: Ví dụ, trong mô hình động vật, nhiễm trùng liên tục với một vi-rút RNA kết hợp với các mô chủ thể làm thay đổi tự kháng nguyên sinh học, dẫn đến rối loạn tự miễn tự nhiên giống như lupus ban đỏ hệ thống (SLE).
Yếu tố di truyền
Người thân của bệnh nhân có rối loạn tự miễn cũng thường có các tự kháng thể. Tính đặc hiệu của tự kháng thể ở bệnh nhân và người thân của họ thường nhưng không phải lúc nào cũng tương tự nhau. Nếu một người có bệnh rối loạn tự miễn, người kia sẽ có nguy cơ mắc bệnh đó nếu họ là sinh đôi cùng trứng hơn là khác trứng.
Hầu hết các rối loạn tự miễn dịch đều có đa nguyên nhân gây ra, và các biến thể a len trong locus HLA-gen gần như luôn luôn đóng góp.
Cơ chế phòng vệ
Thông thường, phản ứng tự miễn bệnh lý được tránh bởi các cơ chế dung nạp miễn dịch của việc xóa bỏ và dung nạp clone. Bất kỳ lympho bào tự phản ứng nào không được kiểm soát bởi những cơ chế này thường bị hạn chế bởi Foxp3+ các tế bào T điều hòa. Một khiếm khuyết tế bào T điều hòa có thể gây cản trở bất kỳ cơ chế bảo vệ nào, dẫn đến tự miễn. Các kháng thể chống idiotype (kháng thể đối với vị trí kết hợp kháng nguyên của các kháng thể khác) có thể gây trở ngại cho việc điều hòa hoạt động kháng thể.